Aqua Expeditions została założona w 2007 roku przez Francesco Galli Zugaro, który w ten sposób zrealizował swoje marzenie o podróżowaniu w niezwykle komfortowych warunkach po największych rzekach świata.
Niestandardowo zaprojektowany Aqua Amazon był pierwszym statkiem, który pływał po peruwiańskiej części Amazonii, czyli jednym z ostatnich wielkich i dziewiczych regionów na świecie. Można tu spotkać różowe delfiny, piranie, kapucynki czy tez leniwca skrytego w deszczowym lesie.
Wzrastające zapotrzebowanie na tego rodzaju rzeczne safari doprowadziło w 2011 roku do powstania kolejnej jednostki – Aria Amazon.
Sukces odniesiony w tej części świata zachęcił Galli Zugaro do poszukiwania podobnych doznań na innych kontynentach co sprawiło, że w 2014 roku powstał Aqua Mekong. Niewielkie statki rzeczne tego armatora charakteryzują się niezwykłym poziomem komfortu oraz luksusu.
Obecnie Aqua Expeditions to dwie jednostki: Aqua Mekong pływający w Kambodży i Wietnamie oraz Aria Amazon, który pływa w Peru.